86EightySix

星歴2148年。サンマグノリア共和国は隣国ギアーデ帝国が投入した完全自律型無人兵器「レギオン」の侵攻に対し、同様の無人兵器「ジャガーノート」を投入。流血無き戦場を作り上げる事でその脅威を退けていた。しかし、その実態は多数派民族である白系種以外を人間と見做さない狂気の差別思想から生み出された「有人搭乗式無人機」だった。強制収容所に送り込まれ、レギオンとの戦闘を強制された有色種たちは、共和国85行政区の外へ追いやられた人型の家畜「エイティシックス」と蔑まれながら、絶死の戦場を戦い続けていたのだ。
そんな中、白系種でありながら軍内で差別政策撤廃の活動を行う士官ヴラディレーナ・ミリーゼは「死神」と呼ばれるエイティシックス、シンエイ・ノウゼン率いるスピアヘッド戦隊の指揮管制を任されることととなる。彼らとの交流の中、レーナはシンが「死神」と呼ばれる所以を知る。シンは、レギオンがその中枢神経系の自壊を回避するべく取り込んだ死者の脳構造から発される絶叫を聞く能力を有していたのだ。当初はエイティシックスたちから一線を置かれていたレーナだったが、シンの異能を通してレギオンの叫喚を聞いた後も交流を辞めなかったことから、少しずつエイティシックスたちに認められていく。
過酷な戦いは続き、消耗しきったスピアヘッド戦隊はついに定数の半数を割り込むが、レーナが何度要請しようと補充は行われない。それに憤るレーナに、シンはある事実を伝える。激戦区を次々転戦させられ、それでも生き延びた歴戦のエイティシックスを処分するための「特別偵察」。最後まで生き残ったスピアヘッド戦隊のシンとライデン・シュガ、セオト・リッカ、アンジュ・エマ、クレナ・ククミラの5人は、絶死の戦場に旅立っていった。
ラン・スルー・ザ・バトルフロント（Ep.2, Ep.3）
生存を想定されていないはずの特別偵察に旅立ったスピアヘッド戦隊の5人は、ギアーデ連邦に保護されて生き延びていた。養父となったギアーデ連邦暫定大統領エルンスト・ツィマーマンの意向もあり、5人は連邦の平和な社会を体験し、彼の家で暮らす幼い少女フレデリカ・ローゼンフォルトとも交流を深める。しかし自らの居場所は戦場以外にないという意識を固くした5人は、やがて全員が連邦軍への従軍を希望する。
特別士官学校を卒業した5人は、連邦が新開発したフェルドレス「レギンレイヴ」を運用する実験部隊ノルトリヒトに配属され、各地を転戦する。そんな中、かねてからシンが予見していたレギオンの大規模攻勢が始まる。シンの異能によりどの部隊よりも早く即応したノルトリヒト戦隊の活躍もあり、連邦軍は辛うじて攻勢を撃退することに成功するが、電磁加速砲型の砲撃によりノルトリヒト戦隊が駐屯していたFOB14は消滅する。
時を同じくして、共和国を守る大要塞壁群グラン・ミュールが電磁加速砲型の砲撃により崩壊し、無防備な85区内にレギオンが侵入し始める。シンとの交流の中で大攻勢の予兆を知らされ準備を続けていたレーナは、全てのエイティシックスに対して共和国85区内への結集を要請し、絶望的な防衛戦に身を投じていく。
連邦では、現時点で生存が確認された全ての国家の首都を射程に収めることが可能な電磁加速砲型の脅威に対し、ノルトリヒト戦隊が単独で敵中突破したうえでこれを撃破するという作戦が立案される。人類の総力を挙げた陽動作戦の中、地面効果翼機「ナハツェーラー」によって空挺輸送されたノルトリヒト戦隊は電磁加速砲型に接敵し、戦隊全機が行動不能になる苦闘の果てにこれを撃破することに成功する。そして、共和国からの客員士官として連邦軍に派遣されたレーナと元スピアヘッド戦隊の面々は、ついに対面を果たす。
アンダー・プレッシャー（Ep.4）
連邦軍西部方面軍の麾下にノルトリヒト戦隊の面々と、シデン・イーダら共和国防衛戦を生き残ったエイティシックスらによる機動部隊「第86独立機動打撃群（ストライク・パッケージ）」が設立され、レーナはその作戦司令官に就任する。レーナとシンたちは交流を深めるが、その中で段々と86区の劣悪な環境で心が擦り切れてしまったエイティシックスたちとレーナとの隔絶が浮き彫りになっていく。

機動打撃群に与えられた初任務は、共和国の旧地下鉄ターミナルに巣食うレギオンの生産拠点、自動工場型と発電プラント型の撃破であった。作戦は当初順調に推移していたが、1個戦隊が正体不明の敵を前に成す術なく全滅し、前線で調査にあたっていたレーナの親友で技術士官のアンリエッタ・ペンローズが拉致され、さらにエイティシックス以外誰もいないはずの戦場に共和国人が生き残っており、作戦は一時的に中止を余儀なくされる。
それでも作戦は続行されるが、発電プラント型が撃破されると、戦場にいる全てのレギオンが一斉に知性型レギオン「羊飼い」と化す。損傷のない死者の脳構造を転用していた「羊飼い」は、生前の記憶を残しているがゆえに自己同一性の問題から量産が不可能だった。しかし、共和国人を大量に鹵獲したレギオンは、彼らの脳を用いた実験により「羊飼い」の量産方法を会得していたのだ。
全てのレギオンが知性化し更に戦闘が苛烈になる中、作戦目標を達成した機動打撃群は撤退を開始する。しかしその最中、シンは吶喊してきた近接猟兵型に吹き飛ばされて下層に落下する。そこで待ち受けていたのは、阻電撹乱型を身に纏い光学迷彩とし、シンでさえ対応できない超高機動とチェインブレードを武器とする新型レギオン「高機動型」であった。シンの乗機アンダテイカーは高機動型により破壊されるが、それを囮にしたシンはアサルトライフルで高機動型を撃破することに成功する。しかし、撃破された高機動型は中枢神経系を構成する流体マイクロマシンを吹き出して人の形を型取り、「さがしにきなさい」とメッセージを残して逃げ去ったのであった。
死よ、驕るなかれ（Ep.5）
高機動型にメッセージを残したレギオン開発者、ゼレーネ・ビルケンバウムの手がかりを得るべく、ギアーデ連邦とロア＝グレキア連合王国の協同により、手がかりになるであろうレギオン指揮官機「無慈悲な女王」の鹵獲作戦が立案される。機動打撃群は連邦側の実働部隊として連合王国に派遣され、レーナとシンたちは極寒の異国の地を踏む。そこで、レーナらは連合王国第5王子ヴィークトル・イグナロークと、死者の脳構造を制御系に用いたヒューマノイド「シリン」と対面する。
作戦が始動した直後、高機動型をはじめとするレギオン軽機甲部隊が電磁射出型によって空挺投入され、作戦司令部が置かれるレーヴィチ要塞基地はレーナらが立て籠もった地下の一部を除いて陥落する。
シンたち作戦部隊は反転してレーヴィチ要塞基地の奪還を目指すが、天然の要塞を更に堅固にしたレーヴィチ要塞基地の攻略は困難を極め、籠城した司令部も、補給の乏しいシンたち攻略部隊も限界が近づいていた。そこで、ヴィーカはシリンと彼女らが駆るフェルドレス「アルカノスト」を突撃させ、その残骸をレーヴィチ要塞基地への到達を阻む空堀を越える足場とする。人間と酷似した見た目のシリンが、笑いながら次々と深い谷へ身を投じていくさまにエイティシックスたちは戦慄するが、それにより攻略部隊は要塞基地内への進出に成功し、巧みな連携と待ち伏せにより高機動型も撃破、要塞基地を奪還する。
明けねばこそ夜は永く（Ep.6）
最後には死ぬと分かっていながらも戦い抜くことこそを誇りとしていたエイティシックスたちは、先の作戦でのシリンたちの狂気的な姿と自分たちのあり方を重ねてしまい苦悩する。シンも自身のあり方について思い悩み続け、戦闘中にさえ一瞬気を取られた結果、重戦車型の攻撃を受け負傷してしまう。しかしそれでもシンは頑なに自身の悩みを打ち明けようとせず、自分では頼りにならないのかとレーナは思わず涙し、シンの病室から走り去った。
シンとレーナがすれ違い続ける中、連合王国が対峙するレギオンの拠点である竜牙大山の攻略作戦が始動する。一方、高機動型はレギオンの指揮系統から外れ、単独でシンを狙っていた。当初はシンがいる可能性のある場所として発令所周辺を単独で襲撃したが、シンの不在に気づくとすぐに竜牙大山に向かう。スピアヘッド戦隊に遅いかかかった高機動型はシンを部隊から分断し、シンに一騎打ちを挑む。超高機動戦への適応の末に恐竜の、あるいは人間に似た形状になった高機動型との激戦の末、シンは高機動型を溶岩に突き落として撃破することに成功する。しかし戦闘の余波により、シンはレギンレイヴの冷却系が追いつかないほどの高温環境に閉じ込められ、死を覚悟する。そこに突如「無慈悲な女王」が現れ、それを追ってきたエイティシックスたちによりシンは救助された。
戦いの中でシンとレーナは、互いにあり方が隔絶していても、それを受け入れたうえで互いに歩み寄っていくことを決意し、作戦の後に再会した二人は、屈託なく笑い合うのだった。
ミスト（Ep.7）
竜牙大山攻略作戦において鹵獲された「無慈悲な女王」の調査と尋問は第三国であるヴァルト盟約同盟で行われることとなり、連合王国と機動打撃群の面々は休暇を兼ねて盟約同盟を訪れる。エイティシックスたちは久しぶりの平穏に思い切り羽を伸ばす。その一方で彼らは、互いに好意を抱いているのが明らかにも関わらず一向に関係が進展しないシンとレーナにやきもきし、結託して二人の仲を後押ししようとする。
一方、シンはレギオンの声を聞くことのできる異能者として「無慈悲な女王」の尋問に協力していた。あらゆる尋問に対し沈黙を貫いていた「無慈悲な女王」だったが、シンが丸腰で彼女の前に身を晒すとついにその口を開く。シンとの問答の末「無慈悲な女王」が告げたのは、全レギオンの停止方法であった。しかしそれには、すでに滅亡したギアーデ帝室の遺伝子照合が必要であり、やっと見つけた勝利の鍵がすでに失われていたという事実に皆落胆する。しかし、機動打撃群のマスコットのフレデリカが実はギアーデ帝国最後の女帝であることを知るシンは、その事実が知れ渡ったときに彼女がどうなってしまうのかを案じて無言を貫いた。
盟約同盟での最後の夜、礼儀作法の講習を兼ねたパーティーが開催され、エイティシックスたちはめいめいに華麗に着飾る。シンはレーナをテラスに連れ出し、そこでついに自らの想いを告白する。しかし感極まったレーナはそれに返答する前にキスをしてしまい、一瞬の後に自身の行いに気づいたレーナは恥ずかしさのあまり、告白の返事もせずに逃げてしまうのだった。
ガンスモーク・オン・ザ・ウォーター（Ep.8）
新たに確認された電磁加速砲型撃破のため、機動打撃群はレグキード征海船団国群へと派遣され、エイティシックスたちは作戦開始までの間、初めて見る海で思い思いに遊び回る。しかし未だ自身のあり方について考えられずにいる者たちと、前に進むことを選択した者たちの間で、エイティシックスたちの中には小さな断絶が生まれつつあった。
1ヶ月の間待ち望んだ嵐が到来し、船団国群に残存する主力艦全てをかき集め結成された合同艦隊「オーファン・フリート」は出港する。海上要塞「魔天貝楼」に陣取った電磁加速砲型の元に辿り着くまでの7時間を旗艦「ステラマリス」以外の全艦が囮となることで凌ぎ、オーファン・フリートはたった4隻になりながらも魔天貝楼に到達した。
ステラマリスに輸送された機動打撃群は摩天貝楼に上陸し、狭い足場と光学迷彩を使用するレギオンに苦戦しながらも電磁加速砲型を追い詰めていくが、突如現れた原生海獣の攻撃により電磁加速砲型は一瞬のうちに沈黙する。その直後、海中から800mmレールガンを2門搭載した超巨大な艦船型のレギオン「電磁砲艦型」が現れる。同時に現れた高機動型の奇襲を受けてシンは海中に落下し、レーナやスピアヘッド戦隊の面々は一様に激しく動揺する。その動揺を隠せずにいながらもセオは単身で電磁砲艦型に飛び移り、後を追ってきたライデン、アンジュやブリジンガメン戦隊とともに、電磁砲艦型艦上の砲塔群の排除を開始した。
電磁砲艦型に斬り込んだレギンレイヴはセオ以外全機が振り落とされながらも機動打撃群はその武装を破壊することに成功する。しかし、制御中枢が生き残った電磁砲艦型は海中に潜航して逃去してしまう。そして、その身を挺して電磁砲艦型の最後の砲撃を阻止したセオは、コクピットに飛び込んだ砲弾片によって左手を失ってしまっていた。
ヴァルキリィ・ハズ・ランデッド（Ep.9）
電磁砲艦型との激闘は機動打撃群に大きな犠牲を与え、シンやシデンでさえも動揺を隠せない。しかし電磁砲艦型が生き残っている現在、連邦軍に彼らを慮る余裕はなく、電磁砲艦型の逃走先の可能性があるレギオンの拠点全てを同時急襲する作戦が立案される。その一環として、シンたち第1機甲グループは大陸の西の果てに位置する「狂国」、ノイリャナルセ聖教国に派遣される。
機動打撃群は、大貴族の私兵である義勇機甲連隊ミルメコレオと、聖教国軍第3機甲軍団シガ＝トゥラと協同し、電磁砲艦型が融合したと思しき新型レギオン「攻性工廠型」の排除作戦を行う。機動打撃群の空挺部隊が攻性工廠型を機能停止に追い込み、後は連邦軍が開発した試作レールガン「トラオアシュヴァーン」の射撃により破壊するのみとなったとき、突如として聖教国軍が連邦軍に刃を向ける。レーナたち旅団本隊は聖教国軍に包囲されるが、未だ攻性工廠型が健在である段階で行われた聖教国にとってあまりに利益の少ない裏切りに、レーナは違和感を覚える。
レーナの感じた違和感の通り、聖教国は連邦を裏切ったわけではなかった。第3機甲軍団長のヒェルナは、かつて「家族全員をレギオンに奪われた悲憤を胸に戦う聖女」に仕立て上げるため家族全員を見捨てられ、その死を無線越しに耳にさせられていた。それでも神に与えられた運命に縋って戦い続けてきたヒェルナだったが、戦士階級「神戟」の払底により、聖教国がこれまで教義のために行ってこなかった教徒からの徴兵を決定すると、教えのために自分からすべてを奪った聖教国が命惜しさのために教えを捨てたことに失望。聖教国の裏切りを演出して他国からの支援を断ち聖教国を滅ぼすため、ヒェルナは単独でこの凶行に及んだのだった。
しかし、聖教国への警戒から存在が伝えられていなかった知覚同調により連邦軍は聖教国との接触に成功。機動打撃群も攻性工廠型の撃破に成功し、ヒェルナの企みは潰えた。